Expériences professionnelles

LabEx Milieu Intérieur, Institut Pasteur Paris, France
Ingénieure de recherche confirmée, sous la direction de Darragh Duffy 2016 - Juin 2017

Conception d’un système de gestion de données d’échantillons avec mise en forme des données avant interfaçage. Création de scripts en Shiny (R).

  • Mise en forme des données sur les échantillons avant leur interfaçage dans le logiciel FreezerPro
  • Conception d’application Shiny (R) pour analyser des expressions de gènes
  • Participation au Journal Club de l’unité (en anglais)
  • Conception de scripts en Python et rapports d’analyse de fichiers avec Jupyter
  • Compte-rendu des travaux en cours auprès de l’équipe de recherche (en anglais)


UMR 946 INSERM-Université Paris Diderot Paris, France
Ingénieure d’études bioinformaticienne, sous la direction du Dr Florence Demenais Mai - Décembre 2015

Développement des procédures communes (annotations, formatage, imputations) pour les différentes recherches du laboratoire, préparation des données génétiques pour le calcul scientifique, veille bibliographique et technologique.

  • Comparaison interespèces pour le mélanome avec les EPOs (homme-chien) : comparaison des gènes orthologues
  • Annotation des SNPs le long des gènes
  • Contribution à la veille bibliographique du laboratoire
  • Rédaction de documentation pour les différents scripts et procédures
  • Formation à l’utilisation des scripts et procédures réalisés


AP-HP Cochin Paris, France
Ingénieure d’études bioinformaticienne, sous la co-direction des Dr Marie-Françoise Avril et Dr F Demenais 2013 - Avril 2015

Préparation de données génétiques pour le calcul scientifique et procédures informatiques communes.

  • Préparation des données génotypiques avant imputation
  • Annotation des SNPs le long des gènes
  • Récupération des gènes orthologues homme-chien dans Ensembl
  • Annotation fonctionnelle (DNAse, site de fixation de facteur de transcription...) à l’aide de l’UCSC Genome Browser, aide à l’interprétation des données affichées en fonction de la banque de données
  • Conception de scripts de formatage de fichiers
  • Contribution à la veille bibliographique du laboratoire
  • Rédaction de documentation pour les différents scripts et procédures


UMR 946 INSERM-Université Paris Diderot Paris, France
Ingénieure d’études bioinformaticienne, sous la direction du Dr Florence Demenais 2012 - 2013

Recensement et interrogation des bases de données, développement des procédures communes (annotations, formatage, imputations) pour les différentes recherches du laboratoire, préparation des données génétiques pour le calcul scientifique, veille bibliographique et technologique.

  • Recensement de banques de données publiques
  • Récupération en local des annotations des gènes et des SNPs du NCBI
  • Annotation des SNPs le long des gènes
  • Recherche de réseaux de gènes (KEGG)
  • Maintenance des procédures déjà en place
  • Réalisation de scripts Bash, Perl, VBA (macro Excel)
  • Contribution à la veille bibliographique du laboratoire
  • Rédaction de documentation pour les différents scripts et procédures


Centre de bioinformatique bordelais Bordeaux, France
Ingénieure d’étude bioinformaticienne, sous la direction de Macha Nikolski Février - Mai 2011

Développement d'une interface web pour aligement de peptides courts avec une banque de protéines pour un organisme donné. Affichage des ensembles de peptides correspondant avec un même ensemble de protéines et récupération des informations sur les protéines. Possibilité de déterminer les interactions entre les gènes et les protéines trouvées.

  • Alignement (Blast) de peptides courts de rat sur les protéines d’UniProt (local)
  • Recherche des gènes homologues chez l’humain avec OrthoMCL et HomoloGene (NCBI)
  • Description pour chaque gène trouvé dans une interface web : Gene (NCBI)
  • Affichage de l’alignement des peptides sur les protéines associées avec MAFFT
  • Interface web développée en Perl, PHP, JavaScript, HTML, CSS

Bioinformatique, stage de Master 2

DIMNP (Dynamique des Interactions Membranaires Normales et Pathologiques) Montpellier, France
Stage de fin de cursus, Master 2, encadré par le Pr Ovidiu Radulescu Mars - Juillet 2010

Modélisation du métabolisme des phospholipides de Plasmodium falciparum
Développement d’une approche mathématique pour modéliser et expliquer le métabolisme des phospholipides de Plasmodium falciparum.

  • Veille bibliographique
  • Modélisation sous MatLab (SimBiology)

Informatique, Master 1

LaBRI (Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique) Bordeaux, France
Stage d’approfondissement en programmation, encadré par Pascal Desbarats Juin - Juillet 2009

Conception d’un logiciel pour gérer un site web
Développement d’un logiciel d’aide à la gestion d’un site web avec interface graphique.

  • Python, wxPython, XML, HTML

 Compétences

Programmation
  • Python
  • Bash
  • R
  • Perl
  • VBA
  • Java
Technologie web
  • HTML
  • XML
  • CSS
  • Shiny
  • XSLT
  • Django
Bases de données
  • Texte CSV
  • SQL
Outils bioinfomatiques
  • UCSC Genome Browser
  • MAFFT
  • BLAST
  • Galaxy
  • ClustalW
  • Rasmol
  • ImageJ
Systèmes d'exloitations
  • GNU/Linux
  • Windows
  • Mac OS

 Formation continue

Cancéropôle Île-de-France Paris, France
NGS & Cancer : Analyses ChIP-Seq Avril 2015 (3 jours)

Galaxy, peak-calling, Analyse fonctionnelle et de transcriptome, Croisement de données ChIP-Seq et RNA-Seq

Formations

Université de Bordeaux Bordeaux, France
Master Recherche Biologie Santé, Bioinformatique, Mention Bien 2008 - 2010

Protéomique fonctionnelle et post-génomique, Génomique fonctionnelle, Division et cycle cellulaire, Ressources informatiques, Algorithmique, Programmation, Bases de données, Data Mining, Imagerie


Université Victor Segalen Bordeaux II Bordeaux, France
Licence Sciences de la Vie et de la Santé, Biologie Cellulaire et Physiopathologie 2004 - 2008

Immunologie, Physiologie, Biochimie, Chimie (organique, cinétique, enzymatique), Biologie cellulaire (animale, végétale), Microbio- logie, Génétique, Statistiques

 Publications

 Articles

[1] The COL5A3 and MMP9 genes interact in eczema susceptibility. J Allergy Clin Immunol (2017 (soumis))
Margaritte-Jeannin P, Babron MC, Laprise C, Lavielle N, Sarnowski C, Brossard M, Moffat M, Gagné-Ouellet V, Etcheto A, Lathrop N, Jut J, Cookson WO, Bouzigon E, Demenais F et Dizier MH.
[2] A comprehensive analysis of melanoma Breslow thickness identifies interaction between CDC42 and SCIN genetic variants. Int J of Cancer (2016)
Vaysse A, Fang S, Brossard M, Wei Q, Chen WV, Mohamdi H, Vincent-Fetita L, Margaritte-Jeannin P, Lavielle N, Maubec E, Lathrop M, Avril MF, Amos CI, Lee JE et Demenais F.
[DOI: 10.1002/ijc.30245]
[3] Integrated pathway analysis reveals interactive effect of genetic variants at TERF1 and AFAP1L2 loci on melanoma risk. Int J of Cancer (2015)
Brossard M, Fang S, Vaysse A, Wei Q, Chen WV, Mohamdi H, Maubec E, Lavielle N, Galan P, Lathrop N, Avril MH, Lee JE, Amos CI et Demenais F.
[DOI: 10.1002/ijc.29570]
[4] Interaction between DNAH9 gene and early smoke exposure on bronchial hyper-responsiveness. ERJ (2015)
Dizier MH, Nadif R, Margaritte-Jeannin P, Barton S, Sarnowski C, Gagné-Ouellet V, Brossard M, Lavielle N, Just J, Lathrop M, Holloway J, Laprise C, Bouzigon E et Demenais F.
[DOI: 10.1183/13993003.00849-2015]
[5] A common variant in RAB27A gene is associated with fractional exhaled nitric oxide levels in adults. Clin Exp Allergy (2015)
Bouzigon E, Nadif R, Thompson EE, Concas MP, Kuldanek S, Du G, Brossard M, Lavielle N, Sarnowski C, Vaysse A, Dessen P, van der Valk RJP, Duijts L, Henderson AJ, Jaddoe VWV, de Jongste JC, GABRIEL consortium, EArly Genetics & Lifecourse Epidemiology (EAGLE) Consortium, Casula S, Biino G, Dizier MH, Pin I, Matran R, Lathrop M, Pirastu M, Demenais F et Ober C.
[DOI: 10.1111/cea.12461]
[6] The nuclear factor I/A (NFIA) gene is associated with the ashma plus rhinitis phenotype. J Allergy Clin Immunol (2014)
Dizier MH, Margaritte-Jeanin P, Madore AM, Moffat M, Brossard M, Lavielle N, Sarnowski C, Just J, Cookson W, Lathrop M, Laprise C et Demenais F.
[DOI: 10.1016/j.jaci.2013.12.1074]

 Communications

[7] Network-Assisted Investigation of Signals for Genome-Wide Association Studies in Childhood-onset Asthma.
Liu Y, Brossard M, Margaritte-Jeannin P, Llinares F, Sarnowski C, Al-Shikley L, Lavielle N, Vaysse A, Dizier MH, Bouzigon E et Demenais F.
Capita Selecta in Complex Disease Analysis (CSCDA), 24-26 Nov. 2014, Liège, Belgique.
[8] Integrated pathway and gene-gene interaction analysis reveals novel candidate genes for melanoma.
Brossard M, Fang S, Vaysse A, Wei Q, Mohamdi H, Chen WV, Lavielle N, Maubec E, Avril M-F, Lathrop M, Lee JE, Amos CI, Demenais F et MDACC Melanoma Study Groups.
American Society of Human Genetics (ASHG), 18-22 Oct. 2014, San Diego, États-Unis.
[9] Combined pathway and gene-gene interaction analysis pinpoints biologically relevant genes for a major melanoma prognosis factor.
Vaysse A, Fang S, Brossard M, Mohamdi H, Chen WV, Lavielle N, Maubec E, Wei Q, Lathrop M, Avril M-F, Amos CI, Lee JE, Demenais F, MELARISK et MDACC Melanoma Study Groups.
American Society of Human Genetics (ASHG), 18-22 Oct. 2014, San Diego, États-Unis.
[10] Interactive effect between DNAH9 gene and early-life tobacco smode exposure in bronchial hyper-responsiveness.
Dizier MH, Nadif R, Margaritte-Jeanin P, Barton SJ, Gagné-Ouellet V, Sarnowski C, Brossard M, Lavielle N, Just J, Lathrop M, Holloway JW, Laprise C, Bouzigon E et Demenais F.
International Genetic Epidemiology Society (IGES), 28-30 Aug. 2014, Vienna, Autriche.
[11] Pathways and gene-gene interactions associated with melanoma risk.
Brossard M, Fang S, Vaysse A, Wai Q, Mohamdi H, Chen WV, Lavielle N, Maubec E, Avril M-F, Lathrop M, Lee JE, Amos CI, Demenais F et MDACC Melanoma Study Groups.
Meeting of the Melanoma Genetics Consortium (GenoMEL), 7-9 May 2014, Valencia, Espagne.
[12] Pathay-based analysis of genome-wide SNP data reveals new candidate genes for susceptibility to melanoma.
Brossard M, Vaysse A, Corda E, Jeannin P, Mohamdi H, Chaudru V, Lavielle N, Bressac-de Paillerets B, Avril MF, Lathrop M et Demenais F.
Annual Meeting of the American Society of Human Genetics (ASHG), 6-10 Nov. 2012, San Francisco, États-Unis.

 Divers

Développement web : gestion d’un site web, gestion d’un serveur web (Nginx), conception de site web (norore.fr), conception de l’application web BioInfuse

Graphisme amateur : retouche d’images, photomontage, webdesign (The Gimp, Inkscape), dessin (Krita)

Écriture : blogging, nouvelles

Activités associatives :

Membre active du collectif Giroll (Gironde logiciel libre, giroll.org) Octobre 2008 - Février 2012
Auteure et relectrice sur le blog bioinfo-fr.net, depuis sa création Depuis Mars 2012
Responsable éditorial sur le blog bioinfo-fr.net Avril 2015 - Mi-Octobre 2016
Membre de l’association JeBiF (Jeunes Bioinformaticiens) Depuis Mars 2013
Membre du CA de l’association JeBiF (Jeunes Bioinformaticiens) Décembre 2013 - Décembre 2014
Décembre 2015 - Décembre 2016
Membre active de l’association Parinux Depuis Novembre 2016
Membre de labsquare (labsquare.org) Depuis Février 2017