Nolwenn Lavielle

Développeuse informatique, bioinformaticienne
Passionnée par la biologie et l’informatique, je mets mes compétences au service de vos projets de recherche. De nature curieuse et touche-à-tout par envie, je n’hésite pas à repousser mes limites et à me surpasser pour répondre à vos besoins. Autodidacte avec une soif d’apprendre et de partager, je me ferai un plaisir d’échanger avec vous afin de faire progresser la recherche scientifique.

Compétences

Programmation :
Bash, Python, PHP, Perl, Ruby, R, VBA, Java,
Technologie web :
Symfony, Rails, Django, HTML, XML, CSS, Shiny, XSLT, JavaScript, Ajax,
Bases de données :
SQL, PostGreSQL, SQLite,
Outils bioinformatiques :
UCSC Genome Browser, MAFFT, BLAST, Galaxy, ClustalW, Rasmol, ImageJ,
Systèmes d'exploitation :
GNU/Linux, Windows, Mac,
   
en fr

Expériences

Ingénieure d'études

20 Novembre 2017 — aujourd'hui
Plateforme informatique, IBENS
Paris, France
sous la direction de Pierre Vincens

Développement et maintenance d’applications et d’outils pour le fonctionnement interne de l’IBENS.

  • Reprise du projet pour la gestion de la scolarité en Symfony. Déploiement de l’application, maintenance et support utilisateurs (secrétariat, élèves internes et externes, personnel enseignant).
  • Création du cahier des charges pour une application pour la gestion des missions des agents de l’IBENS, en collaboration avec les gestionnaires. Conception et déploiement de l’application en Ruby-On-Rails.
  • Analyse et maintenance d’un projet existant pour la gestion du LDAP en mode graphique, en PHP.
  • Maintenance de vieux scripts Perl (montée de version) pour la gestion du LDAP en ligne de commande. Ajout de Perldoc associée à chaque script.

Ingénieure de recherche confirmée

2016 — Juin 2017
LabEx Milieu Intérieur, Institut Pasteur
Paris, France
sous la direction de Darragh Duffy

Conception d’un système de gestion de données d’échantillons avec mise en forme des données avant interfaçage. Créations de scripts en Shiny (R).

  • Mise en forme des données sur les échantillons avant leur interfaçage dans le logiciel FreezerPro.
  • Conception d’application Shiny (R) pour analyser des expressions de gènes.
  • Participation au Journal Club de l’unité (en anglais)
  • Conception de scripts en Python et rapports d’analyse de fichiers avec Jupyter
  • Compte-rendu des travaux en cours auprès de l’équipe de recherche (en anglais)

Ingénieure d'études bioinformaticienne

Mai — Décembre 2015
UMR 946 INSERM - Université Paris Diderot
Paris, France
sous la direction de Dr Florence Demenais

Développement des procédures communes (annotations, formatage, imputations) pour les différentes recherches du laboratoire, préparation des données génétiques pour le calcul scientifique, veille bibliographique et technologique.

  • Comparaison interespèces pour le mélanome avec les EPOs (homme-chien) : comparaison des gènes orthologues
  • Annotation des SNPs le long des gènes
  • Contribution à la veille bibliographique du laboratoire
  • Rédaction de documentation pour les différents scripts et procédures
  • Formation à l’utilisation des scripts et procédures réalisés

Ingénieure d'études bioinformaticienne

2013 — Avril 2015
AP-HP Cochin
Paris, France
sous la co-direction de Dr Florence Demenais, Dr Marie-Françoise Avril,

Préparation de données génétiques pour le calcul scientifique et procédures informatiques communes.

  • Préparation des données génotypiques avant imputation
  • Annotation des SNPs le long des gènes
  • Récupération des gènes orthologues homme-chien dans Ensembl
  • Annotation fonctionnelle (DNAse, site de fixation de facteur de transcription…) à l’aide de l’UCSC Genome Browser, aide à l’interprétation des données affichées en fonction de la banque de données
  • Conception de scripts de formatage de fichiers
  • Contribution à la veille bibliographique du laboratoire
  • Rédaction de documentation pour les différents scripts et procédures

Ingénieure d'études bioinformaticienne

2012 — 2013
UMR 946 INSERM-Université Paris Diderot
Paris, France
sous la direction de Dr Florence Demenais

Recensement et interrogation des bases de données, développement des procédures communes (annotations, formatage, imputations) pour les différentes recherches du laboratoire, préparation des données génétiques pour le calcul scientifique, veille bibliographique et technologique.

  • Recensement de banques de données publiques
  • Récupération en local des annotations des gènes et des SNPs du NCBI
  • Annotation des SNPs le long des gènes
  • Recherche de réseaux de gènes (KEGG)
  • Maintenance des procédures déjà en place
  • Réalisation de scripts Bash, Perl, VBA (macro Excel)
  • Contribution à la veille bibliographique du laboratoire
  • Rédaction de documentation pour les différents scripts et procédures

Ingénieure d’étude bioinformaticienne

Février — Mai 2011
Centre de bioinformatique bordelais
Bordeaux, France
sous la direction de Macha Nikolski

Développement d’une interface web pour aligement de peptides courts avec une banque de protéines pour un organisme donné. Affichage des ensembles de peptides correspondant avec un même ensemble de protéines et récupération des informations sur les protéines. Possibilité de déterminer les interactions entre les gènes et les protéines trouvées.

  • Alignement (Blast) de peptides courts de rat sur les protéines d’UniProt (local)
  • Recherche des gènes homologues chez l’humain avec OrthoMCL et HomoloGene (NCBI)
  • Description pour chaque gène trouvé dans une interface web : Gene (NCBI)
  • Affichage de l’alignement des peptides sur les protéines associées avec MAFFT
  • Interface web développée en Perl, PHP, JavaScript, HTML, CSS

Stage de fin de cursus

Mars — Juillet 2010
DIMNP (Dynamique des Interactions Membranaires Normales et Pathologiques)
Montpellier, France
sous la direction de Pr Ovidiu Radulescu

Modélisation du métabolisme des phospholipides de Plasmodium falciparum

Développement d’une approche mathématique pour modéliser et expliquer le métabolisme des phospholipides de Plasmodium falciparum.

  • Veille bibliographique
  • Modélisation sous MatLab (SimBiology)

Stage d'approfondissement en programmation

Juin — Juillet 2009
LaBRI (Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique)
Bordeaux, France
sous la direction de Pascal Desbarats

Conception d’un logiciel pour gérer un site web

Développement d’un logiciel d’aide à la gestion d’un site web avec interface graphique.

  • Python, wxPython, XML, HTML

Formation continue

NGS & Cancer : Analyses ChIP-Seq

Avril 2015 (3 jours)

Cancéropôle Île-de-France

Paris, France

Galaxy, peak-calling, Analyse fonctionnelle et de transcriptome, Croisement de données ChIP-Seq et RNA-Seq

Formation

Master Recherche Biologie Santé, Bioinformatique

2008 — 2010

Université de Bordeaux
Bordeaux, France

Protéomique fonctionnelle et post-génomique, Génomique fonctionnelle, Division et cycle cellulaire, Ressources informatiques, Algorithmique, Programmation, Bases de données, Data Mining, Imagerie

Licence Sciences de la Vie et de la Santé, Biologie Cellulaire et Physiopathologie

2004 — 2008

Université Victor Segalen Bordeaux II
Bordeaux, France

Immunologie, Physiologie, Biochimie, Chimie (organique, cinétique, enzymatique), Biologie cellulaire (animale, végétale), Microbiologie, Génétique, Statistiques

Publications

Articles

[1]

Interactive effect between ATPase-related genes and early-life tobacco smoke exposure on bronchial hyper-responsiveness detected in asthma-ascertained families

Dizier MH and Margaritte-Jeannin P and Pain L and Sarnowski C and Brossard M and Mohamdi H and Lavielle N and Babron MC and Just J and Lathrop M and Laprise C and Bouzigon E and Demenais F and Nadif R

Thorax, 2018 —  10.1136/thoraxjnl-2018-211797 /  30282721
[2]

The COL5A3 and MMP9 genes interact in eczema susceptibility

Margaritte-Jeannin P and Babron MC and Laprise C and Lavielle N and Sarnowski C and Brossard M and Moffat M and Gagné-Ouellet V and Etcheto A and Lathrop M and Just J and Cookson WO and Bouzigon E and Demenais F and Dizier MH

Clin Exp Allergy, 2018 —  10.1111/cea.13064 /  29168291
[3]

A comprehensive genome-wide analysis of melanoma Breslow thickness identifies interaction between CDC42 and SCIN genetic variants

Vaysse A and Fang S and Brossard M and Wei Q and Chen WV and Mohamdi H and Vincent-Fetita L and Margaritte-Jeannin P and Lavielle N and Maubec E and Lathrop M and Avril MF and Amos CI and Lee JE and Demenais F

Int J of Cancer, 2016 —  10.1002/ijc.30245 /  27347659
[4]

Interaction between DNAH9 gene and early smoke exposure on bronchial hyper-responsiveness

Dizier MH and Nadif R and Margaritte-Jeannin P and Barton S and Sarnowski C and Gagné-Ouellet V and Brossard M and Lavielle N and Just J and Lathrop M and Holloway J and Laprise C and Bouzigon E and Demenais F

Eur Respir J, 2016 —  10.1183/13993003.00849-2015 /  26797031
[5]

Integrated pathway and epistasis analysis reveals interactive effect of genetic variants at TERF1 and AFAP1L2 loci on melanoma risk

Brossard M and Fang S and Vaysse A and Wei Q and Chen W V. and Mohamdi H and Maubec E and Lavielle N and Galan P and Lathrop M and Avril MF and Lee J E. and Amos C I. and Demenais F

Int J of Cancer, 2015 —  10.1002/ijc.29570 /  25892537
[6]

A common variant in RAB27A gene is associated with fractional exhaled nitric oxide levels in adults

Bouzigon E and Nadif R and Thompson EE and Concas MP and Kuldanek S and Du G and Brossard M and Lavielle N and Sarnowski C and Vaysse A and Dessen P and van der Valk RJP and Duijts L and Henderson AJ and Jaddoe VWV and de Jongste JC and GABRIEL consortium and EArly Genetics \& Lifecourse Epidemiology (EAGLE) Consortium and Casula S and Biino G and Dizier MH and Pin I and Matran R and Lathrop M and Pirastu M and Demenais F and Ober C

J Allergy Clin Immunol, 2015 —  10.1111/cea.12461 /  25431337
[7]

The nuclear factor I/A NFIA gene is associated with the ashma plus rhinitis phenotype

Dizier MH and Margaritte-Jeanin P and Madore AM and Moffat M and Brossard M and Lavielle N and Sarnowski C and Just J and Cookson W and Lathrop M and Laprise C and Demenais F

J Allergy Clin Immunol, 2014 —  10.1016/j.jaci.2013.12.1074 /  24560411

Conférences

[1]

Combined pathway and gene-gene interaction analysis pinpoints biologically relevant genes for a major melanoma prognosis factor

Vaysse A and Fang S and Brossard M and Mohamdi H and Chen WV and Lavielle N and Maubec E and Wei Q and Lathrop M and Avril M-F and Amos CI and Lee JE and Demenais F and MELARISK and MDACC Melanoma Study Groups

American Society of Human Genetics (ASHG), 18-22 Oct. 2014, San Diego, USA
[2]

Interactive effect between DNAH9 gene and early-life tobacco smode exposure in bronchial hyper-responsiveness

Dizier MH and Nadif R and Margaritte-Jeanin P and Barton SJ and Gagné-Ouellet V and Sarnowski C and Brossard M and Lavielle N and Just J and Lathrop M and Holloway JW and Laprise C and Bouzigon E and Demenais F

International Genetic Epidemiology Society (IGES), 28-30 Aug. 2014, Vienna, Austria
[3]

Pathways and gene-gene interactions associated with melanoma risk

Brossard M and Fang S and Vaysse A and Wai Q and Mohamdi H and Chen WV and Lavielle N and Maubec E and Avril M-F and Lathrop M and Lee JE and Amos CI and Demenais F and MDACC Melanoma Study Groups

Meeting of the Melanoma Genetics Consortium (GenoMEL), 7-9 May 2014, Valencia, Spain
[4]

Pathay-based analysis of genome-wide SNP data reveals new candidate genes for susceptibility to melanoma

Brossard M and Vaysse A and Corda E and Jeannin P and Mohamdi H and Chaudru V and Lavielle N and Bressac-de Paillerets B and Avril MF and Lathrop M and Demenais F

Annual Meeting of the American Society of Human Genetics (ASHG), 6-10 Nov. 2012, San Francisco, USA

Associations

Membre active du collectif Giroll (Gironde logiciel libre, giroll.org)
Février 2012 — Octobre 2018

Autrice et relectrice sur le blog bioinfo-fr.net
Mars 2012 — Novembre 2018

Responsable éditorial sur le blog bioinfo-fr.net
Avril 2015 — Mi-Octobre 2016

Membre de l’association RSG France-JeBif (Jeunes Bioinformaticiens de France)
Décembre 2013 — Janvier 2018

Membre du CA de l’association RSG France-JeBiF (Jeunes Bioinformaticiens de France)
  • Décembre 2013 — Décembre 2014
  • Décembre 2015 — Décembre 2016

Membre active de Parinux
Novembre 2016 — Aujourd'hui

Membre de Labsquare
Février 2017 — Aujourd'hui

Divers

Développement web :

gestion d’un site web, gestion d’un serveur web (Nginx), conception de site web (norore.fr), conception de l’application web BioInfuse, design de l’application web Alice

Graphisme amateur :

retouche d’images, photomontage, webdesign (The Gimp, Inkscape), dessin (Krita)

Écriture :

blogging, nouvelles et roman sous nom d’autrice (amatrice)